Institutul de Genetică, Fiziologie și Protecție a Plantelor în structura actuală a fost fondat la iniţiativa Academiei de Ştiinţe a Moldovei la 1 octombrie 2013 prin contopirea Institutului de Genetică și Fiziologie a Plantelor al AŞM și Institutului de Protecţie a Plantelor şi Agricultură Ecologică al AŞM în conformitate cu Hotărârea Guvernului RM Nr. 270 din 18.04.2013.
Institutele comasate deţin o istorie de mai multe decenii fundamentată pe realizări ştiinţifice recunoscute în ţară şi peste hotare.
Institutul de Genetică şi Fiziologie a Plantelor al AŞM a fost fondat în 2005 prin fuziunea Institutului de Genetică al AŞM, Institutului de Fiziologie a Plantelor al AŞM, Filialei pentru Plante Aromatice şi Medicinale a Institutului de Cercetări Ştiinţifice pentru Porumb şi Sorg „Porumbeni”. Direcțiile de activitate au avut o dezvoltare profundă și de durată. Bazele teoretice ale cercetărilor în genetica și ameliorarea plantelor au fost confirmare prin instituirea Institutului de Genetică Ecologică în 1985, care ulterior în 1991 a fost redenumit în Institutul de Genetică al AŞM. Cercetările în fiziologia și biochimia plantelor au fost consolidate în cadrul Institutului de Fiziologie şi Biochimie a Plantelor, fondat în 1960, și redenumit în 1991 în Institutul de Fiziologie a Plantelor al AȘM.
Istoria Institutului de Protecţie a Plantelor şi Agricultură Ecologică al AŞM începe din anul 1969, când a fost fondat Institutul Unional de Cercetări Ştiinţifice în Domeniul Metodelor Biologice de Protecţie a Plantelor. Organizarea institutului a fost condiţionată de necesitatea elaborării metodelor alternative celor chimice de protecţie a plantelor şi de stopare a chimizării abuzive în agricultură. Pe parcursul celor peste patruzeci de ani instituţia a suferit câteva restructurări, trecând prin denumirile următoare: Institutul Unional de Cercetări Ştiinţifice în domeniul Metodelor Biologice de Protecţie a Plantelor (1969-1992), Institutul de Protecţie Biologică a Plantelor al AŞM (1992-1999), Institutul de Cercetări pentru Protecţia Plantelor al MAIA (1999-2005).
Din 2019, potrivit prevederilor Hotărârii Guvernului Republicii Moldova nr. 50 din 16.01.2018 cu privire la activitatea unor organizații de drept public din domeniile cercetării şi inovării, calitatea de fondator al Institutul de Genetică, Fiziologie și Protecție a Plantelor a fost exercitată de Ministerul Educației și Cercetării, denumirea institutului fiind modificată prin excluderea referinței la Academia de Științe a Moldovei.
Conform Hotărârii Guvernului Republicii Moldova nr. 485 din 13.07.2022 cu privire la reorganizarea prin fuziune (absorbție) a unor instituții din domeniile educației, cercetării și inovării, Institutul de Genetică, Fiziologie și Protecție a Plantelor a intrat în subordinea Universității de Stat din Moldova.